En Mars 1940, le Pasteur William Richard s'installe à Annecy afin d'y assumer la responsabilité d'une œuvre naissante après deux missions « sous tente ».

Pour les rencontres, une pièce est louée rue Carnot. Au mois de mai de la même année, une nouvelle salle est ouverte, un magasin près de la gare, avec une grande vitrine où la Bible peut être exposée. Cette vitrine éclate lors d'un bombardement.

Les rencontres se font ensuite à la salle des sociétés. Un local devenant indispensable, une salle préfabriquée est construite sur un terrain loué à la ville, ce local est inauguré le 4 décembre 1949.

Le 16 juillet 1957 la communauté est inscrite comme Association Cultuelle selon la loi de 1901 sous le nom de : «Assemblée Evangélique d'Annecy ».

En 1961, la ville ayant besoin de son terrain, le local actuel, 3 chemin de Salomons est ouvert.

En 1981, l'âge avancé et la santé du pasteur Richard l'oblige à se retirer, tandis que le pasteur Risnes est invité à prendre la responsabilité de l'Eglise.

Le 16 décembre 1994, lors d'une assemblée générale, l'église décide que le nom «Eglise Protestante Evangélique» d'Annecy, correspond mieux à son identité, ce qui fut déclaré officiellement le 9 janvier 1995 sur le journal officiel.